Leki homeopatyczne wypróbowuje się na osobach zdrowych. Osoby te przyjmują jakiś lek ordynowany przez kierującego badaniami, nie wiedząc jakiego jest on rodzaju, ani też czy w fiolce jest lek czy środek obojętny (najczęściej woda destylowana) i notują objawy; zmiany samopoczucia, objawy chorobowe, etc.
Często badania prowadzi się metodą podwójnie ślepej próby. Wtedy kierujący badaniami przekazuje innemu prowadzącemu lek, nie informując go o tym co to jest, ani też w których fiolkach jest lek, a w których środek obojętny. Metoda ta uniemożliwia zasugerowanie objawów nawet nieświadomie, ponieważ rozdający leki nie wie ani jaki to lek, ani też w których fiolkach on się znajduje.
Oprócz notatek własnych prowadzi się kontrolę lekarską, różnego rodzaju badania laboratoryjne. Umożliwia to poszukiwanie podobieństwa np. na poziomie obrazu krwi.
Badania takie powtarza się w różnych środowiskach, różnych krajach, dobierając osoby różnej płci, w różnym wieku, wybiera osoby o określnej konstytucji. Powtarza się je dla środków w różnych potencjach.
Zebrane w ten sposób dane ukazują wiele objawów, niektóre z nich powtarzają się u wszystkich (lub prawie wszystkich) osób. Objawy te nazywane są charakterystycznymi.
Pewne objawy powtarzają się u ponad połowy osób - można je powiązać z cechami osób, u których wystąpiły - te objawy też zasługują na uwagę. Inne zaś pojawiają się rzadziej, część to tzw. szum informacyjny.
Oznaki zakłócenia czynności organizmu, które jednoznacznie wynikają z działania danego środka homeopatycznego na osoby poddane próbom tworzą patogenetyczny obraz jego działania. Znajomość patogenetycznego działania poszczególnych środków jest nieodzowna w homeopatii. Kojarząc objawy u chorego z obrazem patogenetycznym środków wybiera się ten właściwy.
Zasadnicza różnica polega na tym, że toksykologia zajmuje się tysiące razy większymi stężeniami. Trucizny w dużych dawkach działają w jednakowy sposób u różnych osób i łatwo przewidzieć poszczególne etapy tego działania. Jeżeli pacjent przeżyje w jego organizmie często dochodzi do nieodwracalnych zmian.
W homeopatii stosuje się bardzo małe stężenia, często niemożliwe do zmierzenia w sposób analityczny. Podane w tak niskim stężeniu środki wywołują objawy funkcjonalne i ogólne, które ustępują po zaprzestaniu podawania leku.